Kembali ke markas Kostrad pagi-pagi esok harinya, 13 Mei. Ketika perusuh mulai merampok dan membakar gedung-gedung, Prabowo menghabiskan waktu seharian untuk memikirkan cara bagaimana menggerakkan dan menampung batalion-batalionnya.

Tanggal 14 Oktober 1999, di Bangkok, 4 wartawan mewawancari Prabowo. Inilah yang dimuat di Majalah PANJI No. 28/III, 27 Oktober 1999:

Keesokan harinya, sejak pukul 08.00 WIB, saya mengontak Kol. Nur Muis dan menyampaikan usulan agar acara di Malang ditunda. Atau, kehadiran pangab dibatalkan saja karena situasi ibu kota genting. Biar saya saja yang berangkat.

Jawaban dari Pak Wiranto yang disampaikan lewat Kol. Nur Muis, acara tetap berlangsung sesuai rencana. Irup (Inspektur Upacara—Red.) tetap Pak Wiranto dan saya selaku pangkostrad tetap hadir. Beberapa opsi usulan saya tawarkan kepada Pak Wiranto, yang intinya agar tidak meninggalkan ibu kota, karena keadaan sedang gawat. Posisi terpenting yang harus diamankan adalah ibu kota. Tapi, sampai sekitar delapan kali saya telepon, keputusan tetap sama. Itu terjadi sampai malam hari.

Jadi, pada 14 Mei, pukul 06.00 WIB kita sudah berada di lapangan Halim Perdanakusuma. Saya kaget juga. Panglima utama ada di sana. Danjen Kopassus segala ikut. Saya membatin, sedang genting begini kok seluruh panglima, termasuk panglima ABRI malah pergi ke Malang. Padahal, komandan batalion sekalipun sudah diminta membuat perkiraan cepat, perkiraan operasi, begini, lantas bagaimana setelahnya. Tapi, ya sudah, saya patuh saja pada perintah. Saya ikut ke Malang.

Inilah yang dimuat majalah Asiaweek Vo. 26/No. 8, 3 Maret 2000:

Kejadian tersebut bermula hari Selasa, 12 Mei, ketika Prabowo menerima panggilan telepon. Beberapa mahasiswa tertembak selama demonstrasi di Universitas Trisakti. Naluri pertama Prabowo adalah untuk menyalahkan pasukan keamanan yang tidak disiplin. “Kadang-kadang polisi dan tentara kita begitu tidak profesional. Anda dapat melihat beberapa kesatuan seperti itu. Ya, Tuhan, ini bodoh. Itu adalah reaksi pertama saya.”

Merasa situasi darurat segera terjadi, dia pergi ke markas besarnya di Medan Merdeka, yang hanya terletak di samping markas garnisun. Sebagai Panglima Kostrad, tugas Prabowo adalah menyediakan anak buah dan peralatan. “Saya memanggil pasukan, menyiagakan mereka,” katanya. “Pasukan ini selalu di bawah kendali operasional dari komandan garnisun (Pangdam Jaya). Itulah sistem kami. Saya pada dasarnya hanya berkapasitas sebagai pemberi saran. Saya tidak mempunyai wewenang.”

Dia kembali ke rumah setelah tengah malam, tetapi kembali ke markas Kostrad pagi-pagi esok harinya, 13 Mei. Ketika perusuh mulai merampok dan membakar gedung-gedung, Prabowo menghabiskan waktu seharian untuk memikirkan cara bagaimana menggerakkan dan menampung batalion-batalionnya.

Kecemasan lain: esok harinya Wiranto telah dijadwalkan memimpin sebuah upacara angkatan darat pada pagi berikutnya di Malang, Jawa Timur, sekitar 650 km lebih dari ibukota yang sedang kacau. Sepanjang tanggal 13 Mei, Prabowo berkata bahwa dia mencoba membujuk Wiranto untuk membatalkan kehadirannya di Malang. “Saya menganjurkan bahwa kita membatalkan upacara tersebut di Malang,” katanya. “Jawabnya: tidak, upacara tersebut tetap berlangsung. Saya menelepon kembali. Itu terjadi bolak-balik. Delapan kali saya menelepon kantornya, delapan kali saya diberitahu bahwa upacara itu harus tetap dilaksanakan.”

Di halaman 85 bukunya yang berjudul, “Konflik dan Integrasi TNI-AD” yang diterbitkan oleh Institute for Policy Studies tahun 2004, Mayjen Kivlan Zen menyalahkan Wiranto yang kekeh jumekeh ke Malang untuk menjadi Inspektur upacara serah terima PPRC (Pasukan Pemukul Reaksi Cepat) dari Divisi I Kostrad ke Divisi II Kostrad walaupun Pangkostrad Letjen Prabowo Subianto telah menyarankan agar tidak usah berangkat karena saat itu Jakarta sudah genting sebab pembakaran dan kerusuhan terjadi di mana-mana dan upacara tersebut tidak penting karena Kivlan Zen telah menyiapkan perpindahan itu sejak Maret tahun 1998 waktu dia masih menjabat Panglima Divisi II Kostrad di Malang.